Além dos dados sobre o transporte viário, o Anuário Estatístico da CNT também trouxe informações sobre o transporte aquaviário. O porto de Paraná foi o terceiro que mais movimentou em 2015, com 41,1 milhões de toneladas em cargas, o que representa 11,7% das 351,2 milhões de toneladas de cargas movimentadas no País.

Entre os portos organizados, somente o de Santos (SP) e o de Itaguaái (RS) tiveram maior movimento, com 101,6 milhões e 57,3 milhões, respectivamente. Quarto colocado, o porto de Rio Grande (RS) fica bem atrás do Paraná, com 22,9 milhões.
No geral, os portos organizados mantiveram estabilidade nos resultados, com incremento de 0,7% no volume de cargasa, ao passo que os TUPs (Terminais de uso privado) movimentaram quase o dobro do total de cargas dos portos organizados em 2015.